Journal title

fa بررسی تنوع باکتری‌های نمک دوست دریاچه ارومیه با استفاده از تکنیک PCR-DGGE Investigation of Halophilic Bacterial Diversity in Lake Urmia Using PCR-DGGE Technique مقاله مروری Review article پژوهشي Research <div style="text-align: justify;">زندگی انسان و میکروارگانیسمها به هم گره‌خورده است و بسیاری از این میکروارگانیسمها برای انسان سودمند میباشند. باکتری‌های نمک‌دوست (هالوفیل) قادر به تولید آنزیم‌هایی هستند که در شرایط پرشور، دمای بالا یا PH غیرعادی فعال باقی می‌مانند. این آنزیم‌ها در صنایع غذایی، دارویی، نساجی، شوینده‌ها و زیست‌فناوری کاربرد دارند. لذا شناسایی میکروارگانیسم‌هایی که در محیط‌های پرشوری مانند دریاچه ارومیه با شوری بسیار بالا زنده می‌مانند، امکان طراحی بیورآکتورهایی با شرایط مشابه را فراهم می‌کند. در این مطالعه بررسی تنوع باکتریهای نمک دوست دریاچه ارومیه با استفاده از تکنیک PCR-DGGE انجام شد. به همین منظور نمونه آب و نمک دریاچه از شش ناحیه مختلف دریاچه ارومیه برداشت شد. باکتریهای موجود در آب دریاچه مستقیماً پس از تخلیص توسط سانتریفیوژ با دور بالا جهت استخراج DNA بکار رفتند. DNA حاصل سپس در تکنیک PCR با استفاده از یک جفت پرایمر یونیورسال به‌صورت اختصاصی تکثیر شد. قطعات حاصل سپس در تکنیک الکتروفورز DGGE موردبررسی قرار گرفتند. باندهای حاصل سپس توسط کیت Roche از درون ژل استخراج شدند، مجدداً توسط PCR تکثیر شدند و محصول PCR حاصل توالی یابی شدند. بررسی تنوع نوکلئوتیدی توسط نرم‌افزار انجام شد و مقایسه آن‌ها در بانک ژنی توانست گونه و جنس این باکتریها را شناسایی نماید. این بررسی ضمن اثبات قابلیت و توانایی تکنیک DGGE برای بررسی تنوع باکتریهای یک محیط توانست چند گونه و جنس جدید باکتری نمک دوست جدید در داخل دریاچه ارومیه شناسایی نماید که قبلاً توسط تکنیک‌های مرسوم کشت غیرقابل‌شناسایی بودند. در این تحقیق گونه جدیدی از باکتریهای نمک دوست با عنوان Deefgea rivuli در دریاچه ارومیه شناسایی شد که پیش‌ازاین در چنین محیط فوق اشباعی گزارش نشده بود.</div> <div style="text-align: justify;">Human life is intricately intertwined with microorganisms, many of which offer significant benefits to humanity. Halophilic bacteria are capable of producing enzymes that remain active under extreme conditions such as high salinity, elevated temperatures, and abnormal pH levels. These enzymes have valuable applications in the food, pharmaceutical, textile, detergent, and biotechnology industries. Therefore, identifying microorganisms that thrive in hypersaline environments like Lake Urmia—one of the saltiest lakes in the world—can facilitate the design of bioreactors operating under similar conditions. In this study, the diversity of halophilic bacteria in Lake Urmia was investigated using the PCR-DGGE technique. Water and salt samples were collected from six distinct regions of the lake. Bacteria present in the lake water were directly subjected to high-speed centrifugation for DNA extraction. The extracted DNA was then specifically amplified using a pair of universal primers in the PCR process. The resulting fragments were analyzed via DGGE electrophoresis. Bands obtained from the gel were extracted using a Roche kit, re-amplified by PCR, and subsequently sequenced. Nucleotide diversity was assessed using bioinformatics software, and comparison with gene bank databases enabled identification of bacterial genera and species. This study not only demonstrated the effectiveness of DGGE in assessing microbial diversity in extreme environments but also led to the identification of several novel halophilic bacterial taxa in Lake Urmia that had previously eluded conventional culturing methods. Notably, a new halophilic species, Deefgea rivuli, was identified in the lake—marking its first report in such a hypersaline ecosystem</div> دریاچه ارومیه, باکتری‌های نمک دوست, Deefgea rivuli, PCR-DGGE Urmia Lake, Halophilic bacteria, Deefgea rivuli, PCR-DGGE. 27 34 http://injbr.com/browse.php?a_code=A-10-2-2&slc_lang=fa&sid=1 Ramin Manaffar رامین مناف فر r.manaffar@urmia.ac.ir 100319475328460011 100319475328460011 Yes Urmia University, Faculty of Natural Resources, Department of Fisheries, Urmia, Iran گروه شیلات، دانشکده منابع طبیعی، دانشگاه ارومیه، ارومیه، ایران Fatemeh Geravandi فاطمه گراوندی 100319475328460012 100319475328460012 No Islamic Azad University, Urmia Branch, Faculty of Science, Department of Biology, Urmia, Iran گروه زیست‌شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه آزاد اسلامی واحد ارومیه، ارومیه، ایران